תופעות לוואי לחיסון שעלת מדווחות: איבוד תיאבון, בכי ממושך, חוסר שקט, ישנוניות, התפתחות מחלת עור, דלקת ריאות, תגובות אלרגיות, התעלפות, התנפחות כל הגפה בה הוזרק החיסון ועוד…
החיסון נגד שעלת נקשר עם מוות בעריסה כאשר 70% מהמקרים של מוות בעריסה שנחקרו אירעו בתוך שלושה שבועות מהחיסון, בשיעורים הולכים וגדלים בהדרגה החל מיום החיסון. כמו כן נמצא קשר סטטיסטי בין שיעור הכיסוי החיסוני נגד שעלת לבין היארעות סכרת סוג 1 בבריטניה.