תכנית החיסונים המומלצת ע"י משרד הבריאות שנויה במחלוקת ואיננה מייצגת קו אחיד המקובל בעולם להגנה מפני מחלות זיהומיות.

בכל מדינה קובעים פקידי בריאות הציבור מהי תכנית החיסונים המומלצת לאוכלוסייה במדינה שלהם. ישנם חיסונים הנמצאים בתכניות החיסונים של כל המדינות המערביות (כמו חצבת ופוליו). מאידך, ישנם חיסונים הנמצאים בקרב חלק מהמדינות בלבד (כמו אבעבועות רוח ודלקת כבד נגיפית מסוגים A ו-B). כמו כן, מועדי החיסונים המומלצים (הגיל המומלץ להתחסנות) שונה אף הוא, עבור חיסונים מסוימים.

חיסוני ילדים ניתנים לעיתים בשילובים שונים, בהם מספר נגיפים, או אנטיטוקסינים, כנגד כמה מחלות הניתנות בזריקה אחת (חיסון משולב), כדוגמת חיסון ה- MMRV המכיל חצבת-חזרת-אדמת-אבעבועות רוח.

אפשר שחיסון נגד מחלה מסוימת, או חיסון משולב, יינתנו כמה פעמים לכל ילד, בגילאים שונים (מנת חיסון). דוגמא: החיסון הניתן בישראל היום נגד צהבת נגיפית מסוג B ניתן בשלוש מנות: בגיל לידה, חודש ו- 6 חודשים.

לפי תכנית החיסונים הישראלית, ילד שיתחסן על פי התוכנית המלאה המומלצת בישראל, יקבל 33-34 מנות חיסון, כחיסונים בודדים או משולבים, בשנת חייו הראשונה.

השוואה בין תכנית החיסונים הישראלית ותוכניות חיסונים במדינות אחרות

החיסונים התפתחו באירופה החל מסוף המאה ה 18. ישראל החלה את תוכנית החיסונים שלה בשנות החמישים, והחיסונים שניתנו היו זהים לחיסונים שניתנו במדינות אחרות באותה העת. 

כל תכניות החיסונים במדינות השונות נלקחו מאתר ארגון הבריאות העולמי, נכון ל 10 באוקטובר, 2010. חיסוני הרוטה שנכנסו לתכנית הישראלית ב 1 בדצמבר, 2010 נספרו גם הם.

מדינה	מספר מנות חיסון כולל בשנה הראשונה	מדינה	מספר מנות חיסון כולל בשנה הראשונה
ישראל	33	איטליה	19
גרמניה	30	צ'כיה	19
אוסטרליה	30	שוויץ	18
ארה"ב	30	נורבגיה	18
יוון	28	דנמרק	18
אוסטריה	28	ליטבניה	18
תורכיה	27	פולין	18
בלגיה	24	הונגריה	18
קפריסין	23	פינלנד	18
קנדה	23	שבדיה	18
קרואטיה	22	איסלנד	17
בריטניה	21	בולגריה	16
ספרד	21	יפן	14
פורטוגל	20

השוואה בין מספר מנות החיסון הניתנות לילד בשנת חיו הראשונה עפ"י תכניות החיסונים המומלצות במדינות שונות

דוגמאות להבדלים בולטים במיוחד:

• חזרת – אינו בתכנית החיסונים של הודו, יפן
• צהבת נגיפית מסוג B – מרבית המדינות ממליצות על חיסון זה לקבוצות סיכון בלבד ^[1]Bogomolski-Yahalom V, Granot E, Linder N, Adler R, Korman S, Manny N, Tur-Kaspa R, Shouval D. Prevalence of HBsAg carriers in native and immigrant pregnant female populations in Israel and passive/active vaccination against HBV of newborns at risk. J Med Virol. 1991 Aug;34(4):217-22.. זמנים שונים, מרבית המדינות נותנות פחות חיסונים בשנה הראשונה 

חיסונים מסויימים שנויים במחלוקת גם בקרב רופאים, בארץ ובעולם. בספרו "האמת על החיסונים" מציע דר' ריצ'ארד האלבורסן, שתי תכניות חיסונים אלטרנטיביות לתכנית המומלצת ע"י משרד הבריאות אשר איננן כוללות חיסונים מסוימים הכלולים בתכנית הישראלית, וממליץ על הפרדת חלק מהחיסונים המשולבים. התכנית המוצעת ע"י דר' האלבורסן מוצעת לאחר סקירה היסטורית של כל חיסון וחיסון באשר ליעילותו, בטיחותו וכדאיותו. בדומה לדר' האלבורסן, מאות רופאים, חוקרים ומדענים אחרים בכל העולם, כתבו מאמרים, ספרים, עדויות וביקורות אחרות על חיסונים כאלו ואחרים.

יותר חיסונים – תמותת תינוקות גבוהה יותר

מטרתה העיקרית של תוכנית החיסונים היא הפחתת התמותה. בשנת 2009 בדקו מילר וגולדמן כיצד משפיעה תכנית החיסונים במדינות שונות על תמותת תינוקות. 

בהשוואת 34 המדינות המובילות (בהן שיעור תמותת התינוקות הינו הנמוך ביותר), החל מסינגפור (במקום הראשון, עם שיעור תמותת תינוקות של 2.31 לכל 1,000) ועד ארה"ב במקום ה 34 (6.22 לכל 1,000), מצאו החוקרים מתאם מובהק בין מספר מנות החיסון במדינות אלו לבין שיעור תמותת התינוקות ^[2]Miller NZ, Goldman GS, Infant mortality rates regressed against number of vaccine doses routinely given: is there a biochemical or synergistic toxicity?, Hum Exp Toxicol. 2011 Sep;30(9):1420-8. 

בנוסף להשוואת המדינות השונות, קיבצו החוקרים את המדינות לחמש קבוצות לפי מספר מנות החיסונים הנהוגות בהן: החל מ 12-14 מנות חיסון בקבוצה הראשונה ועד 24-26 מנות חיסון בקבוצה האחרונה. המתאם בין מספר מנות החיסון לשיעור תמותת התינוקות נשמר גם בחלוקה זו, כפי שניתן לראות בתרשים הבא: